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deepin
2023-08-03 07:58 deepin Backbone of ecological co-construction group
| 类型 | 算法 | 优点 | 缺点 |
|---|---|---|---|
| 基于重叠图的纠错算法 | Canu, FALCON等 | 依赖于读序列之间的重叠情况，通过重叠序列的拼接来完成长read纠错工作。 | 这种算法依赖于读序列之间的重叠情况，如果重叠情况不理想， 那么纠错效果可能会受到影响。 |
| 基于深度的纠错算法 | Quiver, Arrow等 | 利用长reads覆盖率高于错误reads的性质，通过统计多个reads中每个碱基出 现的频率来判断所有reads中出现异常的碱基，并进行纠错。 |
这种算法依赖于长reads覆盖率高于错误reads的性质， 如果覆盖率不够高，那么纠错效果可能会受到影响。 |
| 基于比对的纠错算法 | bwa, BLASR等 | 将长reads和相关参考序列比对，根据匹配情况对错配发生的位置进行修正。 | 这种算法需要一个相关参考序列来进行比对， 如果参考序列不够准确或者与目标序列差异较大， 那么纠错效果可能会受到影响。 |
| 混合型纠错算法 | LoRDEC等 | 结合了多种纠错方法，达到更高的准确度和健壮性。例如，LoRDEC结合了 PacBio长reads和Illumina短reads纠错，提高了基因组组装的准确性。 |
这种算法结合了多种纠错方法，但是由于其复杂性， 可能会导致计算时间较长。 |
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PacBio长read纠错算法有哪些，各有什么优缺点