（首发地址：学习日记 如何打开和编辑超大（8.4G）TAB 分隔的 TCGA（癌症基因图谱）文本文件 – 学习日记 ）

本文示例怎样打开和编辑一个超大 TCGA（癌症基因图谱）文本数据文件（8.4G）。包括检测文件信息、处理成每 1000 行一个的小文件。使用的命令有：wc、sed、head、split等。查看命令 less，编辑器 vim、Sublime Text、Atom、UltraEdit。最后着重介绍一个可以直接打开单独原始文件的软件 CSView。示范平台: i7 4770 CPU，16G内存，Deepin 20.9 Linux。视频演示地址：【如何打开和编辑超大（8.4G）TAB 分隔的 TCGA（癌症基因图谱）文本文件】https://www.bilibili.com/video/BV1zw411u7hq/?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

一、TCGA 数据

下载：TcgaTargetGtex_rsem_gene_fpkm.gz
解压数据：gunzip -k *.gz

二、数据基本信息

解压开的文件大小：8.4G
数据行数：wc -l *pkm，60499行。
是否是 TAB 分隔和数据行数：sed 's/\t/\n/g;q' *pkm | wc -l，19132列。
数据样例：head -n 2 *pkm > head_2.tsv
把原来的数据原文件添加.tsv的后缀成：TcgaTargetGtex_rsem_gene_fpkm.tsv

三、分割成小文件

用 WPS 表格或 Excel 都无法打开原始的 tsv 文件。用 vim 会卡死 Linux，用 less 可以查看。

mkdir TcgaTargetGtex_rsem_gene_fpkm_split -v
split -l 1000 --suffix-length=2 --additional-suffix=.tsv TcgaTargetGtex_rsem_gene_fpkm.tsv TcgaTargetGtex_rsem_gene_fpkm_split/

这样就可以用 WPS 表格或 Excel 打开了。但是由于电子表格软件列数不能超过 16384，所以会丢失多出的列。如果要编辑的话，这种分割的小文件用 vim、Sublime Text、Atom、UltraEdit 就可以了。

四、可以直接打开特定符号分割的超大文本文件的跨平台软件

CSView – A fast viewer for very large CSV files https://kothar.net/csview
Linux 下：java -jar csview-1.3.3-linux.jar 选要打开的文件就行了。
但 CSView 只能查看，不能编辑。

我尝试了一下，Linux 下用 UltraEdit 可以直接打开这个8.4G的原始文件，但我设置交换内存到24G，直接替换 TAB 为英文逗号，依然报告内存不足，不能完成操作。但修改少量文字可以编辑保存成功。感兴趣的朋友可以尝试加大内存和交换内存试试。