保留home下的文件。不过如果是装不同系统。老系统的配置文件很可能会引起新系统异常。
所以最好有选择的保留自己需要软件的配置文件。
具体做法有点复杂。

比如我就写了个脚本。来安装自己常用的软件。配置文件都在home区，不格式化就好了。对于一些配置文件不在主目录的软件，比如libvirt，我也用ln -s 链接到主目录，重装后再链接就好了。同样为了方便，写个脚本做这事儿。

感谢．．．．．．．．．．．．．

安装的软件能不能保留？比如mysql，gvim等

gvim不知道没用过。mysql的配置没在用户目录。需要从etc和var下边把配置备份出来。重装后安装软件，恢复。不过mysql的配置我很少保留。一般做法是导出sql文件。重装后导入。

如果有/home独立分区，重装的时候设置相同的用户名，则会自动应用之前的配置文件。不过系统可能会提示输入原系统的用户密码以解锁密钥环。

gvim的配置在~/.gvimrc。所以重装之后依旧保留。

mysql的话如果你用软件包安装。配置文件存放于/etc/mysql/my.cnf(尽管mysql支持~/.my.cnf配置文件，可问题是mysql服务使用mysql这个低权限系统账户启动的，可不是用的你的账户启动的。)，这个没办法。